La viabilidad de una empresa familiar suele verse comprometida cuando hay conflictos internos, no es sencillo mantener separadas las dos esferas, empresarial y familiar, y en ocasiones se tiende a olvidar que el fin de una empresa consiste en obtener beneficios, algo para lo que se requiere cierta cualificación, y que a la vez, es algo que choca con el criterio de igualdad que rige entre los miembros de la familia.
La toma de decisiones adoptadas dentro del núcleo familiar muchas veces sin tener en cuenta criterios de tipo empresarial, la creencia de que por pertenecer a la familia se debe contar con un puesto de trabajo independientemente de las necesidades de la empresa, incluso sin contar con la formación adecuada, los problemas de remuneración realizados con base a la relación familiar y no con los objetivos, la delegación de la gestión en los hijos, o las diferencias de la visión entre el fundador y sus descendientes, suelen ser el germen de un conflicto latente que puede comprometer las relaciones familiares, con lo cual se ve afectada no solo la esfera empresarial, (menor rendimiento y menor beneficio) sino también la esfera familiar (situaciones violentas en cenas o eventos familiares). La salida más común suele ser la huída del problema sin la toma de decisiones en el momento adecuado.