Aunque, como ya vimos anteriormente, la mediación como herramienta logra sus mejores resultados apaciguando conflictos, el clima que llega a crearse en las sesiones abre la puerta para ser el espacio idóneo dónde desarrollar el Protocolo Familiar, un convenio de una naturaleza jurídica más o menos compleja y cuyo contenido son los acuerdos o pactos a los que se han llegado mediante la intervención y colaboración de todos los interesados, los socios-familiares. Esta implicación en su elaboración va a favorecer el cumplimiento voluntario, lo que eliminará fricciones futuras y una herramienta a la que acudir cuando surja una desavenencia.
Este Protocolo Familiar, que en ocasiones también puede contener las referencias a la sucesión empresarial, sirve de marco para gestionar la organización y administración de la empresa, así como la relación entre la familia y la compañía, manteniendo esa separación para evitar que los problemas de una salpiquen a la otra, lo que dotará a ésta de continuidad de una forma eficaz.